Medzi početnými zjaveniami týkajúcimi sa úcty k Božiemu milosrdenstvu sa len dve týkali jeho ďalšej formy – Hodiny milosrdenstva. Prvé z nich sa odohralo v októbri 1937 v Krakove. Ježiš vtedy Faustíne prikázal, aby o tretej popoludní uvažovala o jeho umučení, osobitne o odpustení okamihu smrti, a aby vyprosovala Božie milosrdenstvo, najmä pre hriešnikov. Podľa Spasiteľovej vôle je táto hodina časom veľkej milosti a milosrdenstva, keď Ježišova štedrosť nemá hraníc.
O štyri mesiace Kristus pripomínal Faustíne, že o tretej hodine popoludní má zvelebovať Božie milosrdenstvo a prosiť za celý svet, osobitne za hriešnikov. Ježiš opäť zdôraznil, že je to hodina veľkého milosrdenstva, v ktorej možno vyprosiť od neho čokoľvek. Aby ju jeho tajomníčka lepšie a plodnejšie prežívala, dal jej konkrétne spôsoby modlitby v hodine milosrdenstva: modlitbou Krížovej cesty, keby bola ťažkosť pomodliť sa tú, môže sa nahradiť krátkou adoráciou Oltárnej sviatosti, a ak ani to nie je možné, treba sa zahĺbiť do modlitby na mieste, kde sa v tej chvíli nachádza.

Dejiny Hodiny milosrdenstva

Obyčaj uctievať si hodiny smrti pána Ježiša je veľmi stará. Hoci sa najčastejšie obmedzovala na prežitie tretej hodiny popoludní v modlitbe každý piatok po celý rok, samozrejme s dôrazom na Veľký piatok, dosah tejto nábožnej praxe nebol veľmi široký. Vo Fastíninej kongregácii mali aj zvyk súkromne si uctiť Ježišovu smrť, ktorý niektoré sestry zachovávali každý deň. Až zjavenia sestre Faustíne dodali tretej hodine nový rozmer, rozšírili jej dosah i význam a vyzdvihli ju ako čas osobitnej milosti. Veľmi prekvapujúci je fakt, že hodina milosrdenstva ako jedna z foriem úcty k Božiemu milosrdenstvu, ktorú nám zanechala sestra Faustína, sa stala známou len pred niekoľkými rokmi.